Bioinformatyka z wykorzystaniem Biopython

Opis

Szkolenie koncentruje się na wykorzystaniu biblioteki Biopython w analizie danych biologicznych i genetycznych. Uczestnicy poznają metody programistycznego przetwarzania sekwencji DNA, RNA i białek oraz techniki analizy danych genomowych. Program łączy wykłady teoretyczne z praktycznymi warsztatami, podczas których uczestnicy implementują rozwiązania typowych problemów bioinformatycznych z wykorzystaniem rzeczywistych danych biologicznych.

Profil uczestnika

• Biolodzy molekularni zainteresowani automatyzacją analiz
• Programiści wchodzący w obszar bioinformatyki
• Naukowcy prowadzący badania w zakresie genomiki
• Analitycy danych w sektorze biotechnologicznym
• Pracownicy działów R&D firm farmaceutycznych
• Studenci i doktoranci nauk przyrodniczych
• Specjaliści ds. analizy danych biologicznych

Agenda

1. Wprowadzenie do Biopython
• Podstawowe struktury danych biologicznych
• Praca z sekwencjami biologicznymi
• Obsługa formatów plików biologicznych
• Dostęp do baz danych biologicznych
2. Analiza sekwencji
• Alignmenty sekwencji
• Wyszukiwanie motywów
• Analiza struktury drugorzędowej
• Przewidywanie właściwości molekularnych
3. Analiza danych genomowych
• Przetwarzanie danych NGS
• Analiza wariantów genetycznych
• Filtrowanie i anotacja wariantów
• Wizualizacja danych genomowych
4. Zaawansowane analizy i automatyzacja
• Pipeline’y analizy danych
• Integracja z zewnętrznymi narzędziami
• Optymalizacja wydajności
• Raportowanie wyników

Korzyści

Uczestnik zdobędzie praktyczne umiejętności w zakresie programowania analiz bioinformatycznych z wykorzystaniem biblioteki Biopython. Nauczy się efektywnie przetwarzać i analizować różne typy danych biologicznych. Rozwinie umiejętność tworzenia automatycznych pipeline’ów analizy danych genomowych. Pozna metody integracji różnych narzędzi bioinformatycznych w spójne rozwiązania. Zdobędzie wiedzę o najlepszych praktykach w programowaniu aplikacji bioinformatycznych.

Wymagane przygotowanie uczestników

• Podstawowa znajomość programowania w Pythonie
• Znajomość podstaw biologii molekularnej
• Rozumienie koncepcji analizy danych
• Podstawowa wiedza z zakresu genetyki

Zagadnienia

• Struktury danych w bioinformatyce
• Formaty plików biologicznych
• Alignmenty sekwencji biologicznych
• Analiza motywów i wzorców
• Przewidywanie struktur drugorzędowych
• Przetwarzanie danych NGS
• Analiza wariantów genetycznych
• Anotacja genomowa
• Wizualizacja danych biologicznych
• Automatyzacja analiz bioinformatycznych
• Dostęp do baz danych biologicznych
• Optymalizacja wydajności analiz

Poznaj naszą firmę